تضمّ جامعة سعيدة ـ الدكتور مولاي الطاهر أربع (04) نيابات مديرية مُنشأةٍ وفقاً لأحكام المرسوم التنفيذيّ 03-279 المؤرّخ في 23 أوت 2003 المحدِّد لمهامّ الجامعة والقواعد الخاصّة بتنظيمها وسيرها. وتعمل هذه النيابات تحت السلطة المباشرة لمدير الجامعة، ويُكلَّف كلٌّ منها بمجالٍ نوعيٍّ يُساعد به الرئاسة في تنفيذ مخطَّطاتها المؤسَّساتية.
تتوزّع المسؤوليات الأربع على محاور متكاملة: التكوين الأكاديميّ في الطورَيْن الأوّل والثاني؛ البحث العلميّ والتكوين في ما بعد التدرّج؛ العلاقات الخارجية والتعاون والاتّصال المؤسّساتيّ؛ ثمّ التنمية والاستشراف وتوجيه الطلبة. يُنسّق نائب المدير مع الأمانة العامّة والمجلس العلميّ للجامعة وعمداء الكلّيات، ويترأّس لجاناً بيداغوجيةً وعلميةً مختصّة.
ويُمثِّل نوّاب المدير الرئاسةَ في مختلف الهيئات واللّجان الوزاريّة، ويُسهمون في إعداد التقارير السنويّة للجامعة، وفي تنفيذ السياسة الوطنيّة للتعليم العالي والبحث العلميّ على المستوى المحلّي.